Bungieの元従業員でストーリーボードアーティストのLee Wilson氏はHalo 2の開発中のストーリーボードを公開しました。この公開されたストーリーボードには本編には含まれなかった「コヴナントシップ」のミッションのイントロとエンディングが含まれます。
カットされたコヴナントシップミッション
本編に含まれなかったコヴナント湿布のミッションでは、チーフとアービターがデルタヘイローで会うことになるようです。そしてフラッドに襲われるように見えます。シーンの途中ではコルタナが死亡するように見えるシーンもあるようです。
エンディングでは真実の予言者をアービターが殺すシーンも含まれます。実際のゲームではHalo 3までこのイベントは発生しませんでしたが当初はHalo 2で行われる予定だったようです。
Halo 2
「Halo」の破壊により、人類は束の間の勝利を得る。その復讐のため、コヴナントは地球へ奇襲を仕掛けるが、UNSC の艦隊を打破するには力が及ばず、スリップスペースへの撤退を余儀なくされる。マスターチーフは、復讐心に燃えた敵を追跡中に「Halo」が一つではなかったことを発見する。この長年に渡って知られていなかった秘密が発覚したことにより、敵味方の関係および人間とコヴナントの戦いの行方は劇的に変化することになる。